怀孕三个月离婚的处理方式主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下是可能的处理步骤和注意事项：
双方协商一致：夫妻双方可以通过协商达成一致，签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
女方提起离婚：女方在怀孕期间可以提出离婚诉讼，法院应予受理。法院在审理离婚案件时，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
男方提出离婚：一般情况下，男方在女方怀孕期间不得提出离婚，但若存在重婚或与他人同居等重大过错，法院可以受理离婚请求。
调解程序：任何离婚案件都必须经过诉前调解。如果双方都同意离婚且能达成一致，法院制作调解书，送达双方当事人，解除婚姻关系。
开庭审理：若调解失败，法院会安排开庭审理。法院在审理离婚案件时，一般不会当庭宣判，除非有充分证据证明夫妻感情确已破裂。
判决依据：法院依据夫妻感情是否确已破裂来判决。若破裂则判离，未破裂则不判。孕期女方可提诉讼，保护其特殊权益。
子女抚养权：离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，但双方可协商由父亲抚养，若不影响孩子健康成长，法院会支持。
财产分割：如果存在财产问题，法院将根据实际情况进行分割。离婚后若发现男方在婚姻关系存续期间有独占共同财产的行为，女方仍有权向法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。
建议
协议离婚：如果双方能够友好协商，达成一致的离婚协议，这是最为快捷和简便的方式。
诉讼离婚：如果协商无果，女方可以提起离婚诉讼。在此过程中，建议聘请专业律师提供法律咨询和代理服务，以保护自己的合法权益。
无论采取何种方式，都应确保遵循法律规定，确保双方及子女的权益得到妥善处理。
